Primer
I primer sono oligonucleotidi non modificati con una lunghezza normalmente compresa fra 17 e 40 basi e principalmente impiegati in PCR. La quantità di sottoprodotti aumenta con la lunghezza della molecola. Oltre le 60 basi circa il 50% degli oligonucleotidi contiene la sequenza desiderata.
La resa del prodotto a lunghezza completa, assumendo un’efficienza di accoppiamento del 99% per base, è la seguente:
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Lunghezza in basi |
20 |
30 |
40 |
60 |
100 |
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Resa del prodotto richesto (%) |
83% |
75% |
67% |
55% |
37% |
I primer per PCR possono essere purificati mediante gel filtrazione sephadex per rimuovere impurezze a basso peso molecolare.
I sottoprodotti della sintesi degli oligonucleotidi, sequenze più brevi a 5’ (n-1), normalmente non influenzano gravemente applicazioni che prevedono l’estensione dei primer (PCR, sequenziamento). Questi possono essere efficacemente rimossi mediante HPLC.
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