Primer

I primer sono oligonucleotidi non modificati con una lunghezza normalmente compresa fra 17 e 40 basi e principalmente impiegati in PCR. La quantità di sottoprodotti aumenta con la lunghezza della molecola. Oltre le 60 basi circa il 50% degli oligonucleotidi contiene la sequenza desiderata.

La resa del prodotto a lunghezza completa, assumendo un’efficienza di accoppiamento del 99% per base, è la seguente:

Lunghezza in basi

20

30

40

60

100

Resa del prodotto richesto (%)

83%

75%

67%

55%

37%

I primer per PCR possono essere purificati mediante gel filtrazione sephadex per rimuovere impurezze a basso peso molecolare.

I sottoprodotti della sintesi degli oligonucleotidi, sequenze più brevi a 5’ (n-1), normalmente non influenzano gravemente applicazioni che prevedono l’estensione dei primer (PCR, sequenziamento). Questi possono essere efficacemente rimossi mediante HPLC.

Primer

Primer HPLC

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