Sonde LightCycler® 5'-LC640/705 e 3'-fosfato

Le sonde ad ibridazione consistono in una coppia di sonde oligonucleotidiche di cui una marcata con 3’-Fluoresceina ed una con 5’-LightCycler® Red. La fluoresceina trasmette la sua energia ad un fluoroforo accettore. Il segnale FRET generato è proporzionale alla quantità di target a singolo filamento legato.

Questa sonda è modificata all’estremità 3’ per impedirne l’estensione da parte della Taq Polimerasi durante la PCR.

Le sonde ad ibridazione FRET funzionano sugli strumenti LightCycler® e RotorGene. I fluorofori accettori da impiegare sono:

  • LightCycler® Red 610, ROX, Texas Red (LC 2.0, LC480 e RotorGene)
  • LightCycler® Red 640 (tutti)
  • LightCycler® Red 670, Cy5 (LC 2.0, LC480 e RotorGene)
  • LightCycler® Red 705, Cy5.5 (LC 1.x e 2.0)

Le sonde ad ibridazione FRET possono essere usate per quantificazione e genotipizzazione. La genotipizzazione è il risultato dell’analisi della curva di melting del prodotto di PCR. Questa tecnologia è più precisa dell’analisi con sonde TaqMan in quanto permette il rilevamento di varianti sconosciute. Le sonde TaqMan emettono fluorescenza anche in assenza di una variante, pertanto possono essere impiegate solo per sistemi biallelici.

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