iFL

iFL ist die Abkürzung für die interne Markierung mit Fluorescein über die Seitengruppe der Thymidinbase (FL-dT). Die Produkte können als Primer verwendet werden. Fluorescein ist ein gelber Farbstoff, der blaues Licht (Absorbtionsmaximum 485 nm) absorbiert und blaugrünes Licht abstrahlt (515 nm). Weitere Synonyme sind FAM, FLU oder FITC (letzteres ist ein Isothiozyanat Reagenz zur Einbringung von Fluorescein).

Abs

485 nm

 

Eps

79.000

Em

515 nm

 

Q

0,71

Im OligoShop wird diese Modifikation als XT angezeigt.

In FRET Systemen wird Fluorescein als Donorfarbstoff verwendet. Intern markierte Primer können mit 3'-markierten Sonden auf dem Gegenstrang kombiniert werden, zum Beispiel wenn die Zielregion des Primers nicht konserviert ist, und die benachbarte Region mittels einer Schmelzkurvenanalyse untersucht werden soll. Ein Anwendungsbeispiel ist die Detektion und Identifizierung von Borrelia (Rauter et al., 2002).

Intern Fluorescein markierte Primer werden zusammen mit 3'-markierten LightCycler® 610, 640, 670 oder 705 Hybridisierungssonden verwendet. Alternativ können intern LightCycler Red markierte Primer mit einer 3'-Fluorescein Sonde kombiniert werden.

FLuorescein kann auch für die in-situ Hybridisierung (FISH) verwendet werden, ist durch seine Lichtinstabilität (Photobleaching) und durch die natürliche Hintergrundfluoreszenz biologischer Proben im Bereich von 480-530 nm aber weitgehend von stabileren Farbstoffen (Oregon Green) oder Cy Farbstoffe (Cy3 und Cy5) abgelöst worden.

Fluorescein kann alternativ zu Digoxigenin und Biotin auch zur immunologischen Detektion verwendet werden.

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