5'-Modifikationen

Am 5'- (linken) Ende von Oligonukleotiden können verschiedene Modifikationen eingebracht werden - sowohl funktionale Gruppen für eine Kopplung an andere Moleküle oder an Oberflächen - als auch als Marker zur immunologischen (z.B. Digoxigenin) oder zur spektroskopischen Detektion (z.B. Fluorescein) der Moleküle.

Oligonukleotide mit einer 5'-Modifikation können als Primer verwendet werden, denn die 3'-OH Gruppe kann weiterhin von einer DNA Polymerase verlängert werden. Die entsprechenden PCR Produkte enthalten dann ebenfalls diese Markierung.

5'-Modifikationen können mit internen und/oder 3'-Modifikationen kombiniert werden.

Die Modifikationen werden entweder in der Synthese eingebracht (Amidit Chemie), oder nach der chemischen Synthese des Oligonukleotidanteiles durch Kopplung einer aktivierten Substanz an eine in der Synthese eingebrachte Aminogruppe angehängt (Ester Chemie).

Anthraquinone

Anthraquinone_C18-Linker

Biotin

Biotin-TEG

Digoxigenin (DIG)

Carbonsäure (-COOH)

5'-Phosphat

Amino (C6-NH2)

Amino (C12-NH2)

Aminolinker Trityl

Thiolinker

Dabcyl

BlackBerry Quencher (BBQ)

BlackHole Quencher 3 (BHQ-3)

Methylenblau

Cyan 500 (LightCycler® 480 Farbstoff)

Alexa 488 (Invitrogen)

Fluorescein (FAM, FITC, FL)

FLQ

(TET) Tetrachlorfluorescein, ABI Farbstoff

Rhodamin R6G

Yakima Yellow (YAK)

Alexa532 (Molecular Probes / Invitrogen)

JOE

HEX (Hexachlorfluorescein) ABI Farbstoff

Cy3

Bodipy TMR (Invitrogen)

TAMRA

ROX

LightCycler® Red 610

TexasRed® (Invitrogen)

ALEXA594

MegaStokes DYXL

LightCycler® Red 640

ALEXA647

LightCycler® Red 670

Cy5

Cy5.5

LightCycler® Red 705

Cy7

IRC800 (DY-780)