3'-Modifikationen

Oligonukleotide können am linken Ende (5'-terminal), intern unter Unterbrechung der Zucker-Phosphat Rückgrades (Cy5) oder intern über eine Base (dThymidin) oder am rechten Ende (3'-terminal) mit Farbstoffen oder funktionalen Gruppen versehen werden. Die 3'-terminalen Modifikationen werden entweder über die Startsäule oder über eine Kopplung eines NHS-Esters an eine 3'-terminale Aminogruppe hergestellt. Letztere können nicht mit anderen Ester-basierten Modifikationen kombiniert werden. 3'-modifizierte Produkte können nicht als Primer verwendet werden.

Wichtige funktionale Modifikationen sind Phosphat (auch als Blocker für Sonden), Thiol, der Aminolinker oder eine Carbonsäure.

Wichtige Label zur Detektion sind Biotin (Bindung an Streptavidin Oberfächen oder Konjugate), Fluorescein (zur Detektion mit Antikörpern) und Digoxigenin (DIG).

TaqMan® Sonden tragen an ihrem 3'-Ende einen Quencher, der die Fluoreszenz des 5'-terminalen Reporterfarbstoffes auslöscht. Neben TAMRA werden heute bevorzugt nichtfluoreszenzte 'Dark' Quencher wie Dabcyl, Black-Hole-Quencher (BHQ) oder BlackBerry Quencher (BBQ) verwendet.

Dabcyl

BHQ-1

BHQ-2

BHQ-3

Biotin

Amino (C7-NH2)

Phosphat

Digoxigenin

Alkyl-Linker C3

BlackBerry Quencher (BBQ)

Biotin-TEG

SH

AMCA

Cyan500

FL

FLQ

JOE

Cy3

TAMRA

ROX

TEXAS

LightCycler® Red 610

LightCycler® Red 640

LightCycler® Red 670

Cy5

Cy5.5

LightCycler® Red 705