Primer mit HPLC Reinigung (HPR3)

Die Oligonukleotidsynthese hat eine Effizienz von mehr als 99% je Kopplungsschritt. Nicht umgesetzte Ketten werden acetyliert, damit sie nicht zu Sequenzen mit Deletionen führen; dieser sogenannte Capping-Schritt ist nicht 100% effizient, so daß es doch zu kleinen Anteilen an deletierten Produkten kommt. Insgesamt entstehen je Base etwa 1% kürzere Nebenprodukte, die bei kurzen Primern nicht störend sind, da die für die Spezifität wichtigen 3'-terminalen Basen immer enthalten sind.

Für längere Primer empfiehlt sich unbgedingt eine Reinigung per HPLC. In der Synthese wird die hydrophobe terminale Trityl-Schutzgruppe belassen und nach der ammoniklischen Entschützung zur Reinigung über eine Reversed Phase HPLC Säule verwendet. Bei dieser Methode werden vor allem verkürzte (n-1) Produkte abgetrennt. Andere fehlerhafte Sequenzen, insbesondere solche mit Deletionen, Insertionen und Substitutionen werden durch diese Methode nicht entfernt.

Bei einer Reinigung über einen Anionentauscher (FPLC) werden die Oligonukleotide nach ihrer Länge gereinigt; dabei werden auch andere fehlerhafte Sequenzen entfernt.

Die beste Reinheit erzielt man durch eine Kombination beider Methoden.

Eine Reinigung über ein Polyacrylamidgel (PAGE) bieten wir nicht an, um den Mitarbeitern eine ständige Arbeit mit dem neurotoxischen Acrylamid zu ersparen und weil diese Methode nur für kleine Mengen anwendbar ist.

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